El taladro está controlado por ordenador. El operador selecciona el archivo de taladro de la PCB de los archivos Gerber. Éste contiene la información sobre qué taladros utilizar y las coordenadas X-Y de los agujeros. El taladrado de alta velocidad asegura unas paredes limpias del agujero y proporciona una base segura para el buen metalizado de las paredes del agujero.
El taladrado es un proceso lento, ya que cada orificio debe taladrarse individualmente. El cambio de broca es completamente automático. La máquina selecciona la broca que se va a utilizar desde el estante de brocas, comprueba que tiene el tamaño correcto y, a continuación, la carga en la cabeza de la broca. Normalmente, varias PCB (hasta 5) se perforan al mismo tiempo.