Kriptografijo z javnim ključem najpogosteje uporabljamo pri digitalnih podpisih. S pravilno izvedbo digitalnega podpisa sporočila lahko njen prejemnik preveri, ali je sporočilo, ki ga je sprejel preko nezavarovanega prenosnega kanala, pristno in poslano iz naslova avtentičnega pošiljatelja.
V mnogih pogledih so digitalni podpisi enakovredni tradicionalnim lastnoročnim podpisom, vendar je digitalne podpise pri njihovi pravilni izvedbi mnogo težje ponarediti kot lastnoročne podpise. Pri ugotavljanju pristnosti digitalnega podpisa pa je ključno poznavanje javnega šifrirnega ključa pošiljatelja. Tega je možno dobiti le z varnim mehanizmom distribucije ključev, kar omogočajo digitalni certifikati.