Vezměme si příklad, kdy uživatel B chce poslat zprávu uživateli A. Uživatel B zašifruje zprávu veřejným klíčem uživatele A, a uživatel A dešifruje zprávu pomocí svého soukromého klíče. Vzhledem k tomu, že dvojice klíčů jsou komplementární (navzájem se doplňují), může být k dešifrování daného souboru použit jen soukromý klíč uživatele A. Pokud někdo jiný zachytí šifrový text, nebude schopen jej dešifrovat, protože k tomu lze použít pouze soukromý klíč uživatele A. Tato metoda neposkytuje žádnou autentizaci, tedy ověření, že zpráva přichází skutečně od uživatele B, protože veřejný klíč uživatele A je veřejně známý. Poskytuje však zprávě důvěrnost, protože pouze uživatel A ji může dešifrovat.
Tato metoda jasně ukazuje, že data, která zasíláte nějakému uživateli, mohou být zašifrována pouze pomocí veřejného klíče příjemce, pokud má být zajištěna důvěrnost. A naopak, dešifrování může být provedeno pouze pomocí soukromého klíče, který vlastní příjemce dat. Výměna zpráv tedy může být bezpečná. Odesilatel a příjemce nemusí mít k dispozici stejný klíč, jako je tomu v případě symetrického šifrování. Veškerá komunikace probíhá pouze s použitím veřejného klíče, a žádný soukromý klíč není nikam přenášen ani nikomu sdělován.
Chceme-li zajistit autentizaci, musí uživatel A zašifrovat zprávu svým soukromým klíčem a uživatel B ji bude dešifrovat pomocí veřejného klíče uživatele A. Tato metoda bude poskytovat autentizaci, tedy ověření, že zpráva pochází od uživatele A, avšak nezaručuje důvěrnost, protože veřejný klíč uživatele A je veřejně známý. Proto může danou zprávu dešifrovat každý, kdo zná veřejný klíč uživatele A.
Aby byla zajištěna jak důvěrnost, tak autentizace, musí uživatel B zašifrovat otevřený text nejprve pomocí svého soukromého klíče, což zajistí autentizaci. Poté použije uživatel B k dalšímu zašifrování zprávy veřejný klíč uživatele A, což zajistí důvěrnost.
Nevýhodou tohoto systému je, že celá operace bude časově náročná a složitá, neboť šifrování a dešifrování s veřejným klíčem musí být provedeno celkem čtyřikrát, přičemž délka klíče veřejného klíče je poměrně značná (1024 až 4096 bitů).